木ノ葉の重要施設の図面がぬすまれた。暗部の調査により、犯人はナルトと仲の良かった老大工、ゲンノウだとわかる。じつはゲンノウは、むかしトラップ忍者として有名な忍者だったのだ。自爆してしまったゲンノウ。だが図面は見つからない。「ゲンノウをやとった何者かが図面を入手し、木ノ葉へせめこむことをたくらんでいるのではないか」と考えた綱手は「超Ｓ級非常警戒態勢」を宣言。里内の忍を国境警備にあたらせる。いっぽう、シカマルをリーダーに、ナルト班、キバ班、ネジ班ら11人は里にのこり、消えた図面をさがしはじめるが…。