ばらまかれた図面をの回収に追われるナルトたち。そんな時、滝隠れの演習もゲンノウとはまったく無関係であったことがわかる。ではゲンノウの真のねらいとは何か？目的はわからないが、ゲンノウは里の注意を外に向けさせたかったのではないかと考えたシカマルは、一枚だけ行方不明になっている忍者アカデミーの設計図に注目する。そして、アカデミーをさぐるナルトたち11人は、しんじられない事実と向き合うことに…。