紅、八雲の治療の為に里に戻る一同を待っていたのは、無人の廃墟と化した木ノ葉の里だった。その異変に驚愕しつつも木ノ葉病院に辿り付いたナルトの前に、里見ヶ丘の山荘を襲った忍者・雲海が現れる。「今は争っている時ではない」と身構えるナルトを制する雲海。雲海はナルトにある信じがたい事実を告げる。一方その頃里の探索をしていたシノ、キバ、ヒナタの三人は蟲たちの動きから一つの仮説に辿り付く。